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バイオ系の用語コロニーPCR (Colony direct PCR)

【コロニーPCR (Colony direct PCR)とは】

菌体が目的のプラスミドベクターによって形質転換されたかを確認するための手法である。
基本的には通常のPCR反応と変わりはないが、鋳型となるDNAの代わりに、コロニーとして現れた菌体を、直接PCR反応液に入れる。
通常、菌体に形質転換をしてプレートに撒く際に薬剤選抜を行うが、目的のプラスミドが、目的通りに入っていない菌のコロニーが出現する可能性がある。 一般的には、コロニーから採菌し、菌体を増やし、少量のプラスミドDNAを得て、目的のプラスミドが得られたかを調べるが、 何らかの理由にて形質転換の効率やその前のライゲーションの効率が悪く目的のプラスミドが得られにくい場合に、先行してコロニーPCRを行うことがある。
通常のPCRにおいて、鋳型DNAの量が多すぎると反応が上手く行われないことがあるが、コロニーPCRにおいても同様であり、 菌体を入れすぎると上手く反応が進まず、形質転換の成否を調べることができなくなることがある。

 

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