コロニーPCRとは

菌体が目的のプラスミドベクターによって形質転換されたかを確認するための手法です。
基本的には通常のPCR反応と変わりませんが、鋳型となるDNAの代わりに、コロニーとして現れた菌体を、直接PCR反応液に入れます。
通常、菌体に形質転換をしてプレートに撒く際に薬剤選抜を行いますが、目的のプラスミドが、目的通りに入っていない菌のコロニーが出現する可能性があります。 一般的には、コロニーから採菌し、菌体を増やし、少量のプラスミドDNAを得て、目的のプラスミドが得られたかを調べますが、 何らかの理由にて形質転換の効率やその前のライゲーションの効率が悪く目的のプラスミドが得られにくい場合に、先行してコロニーPCRを行うことがあります。
通常のPCRにおいて、鋳型DNAの量が多すぎると反応が上手く行われないことがありますが、コロニーPCRにおいても同様であり、 菌体を入れすぎると上手く反応が進まず、形質転換の成否を調べることができなくなることがあります。